2000年开始由海南省政府和海南热岛体育发展有限公司共同发起创办，每年6月份在海口举办，具有极强的挑战性和刺激性，有力地呼唤人性生命的激情和英雄主义。
2001年10月国际泳联决定把"横渡琼州海峡"作为2002年马拉松世界杯游泳系列赛确定为14站，比赛更名为"2002年FINA马拉松世界杯游泳赛"（FINA是国际泳联的英文缩写），比赛仍将在6月举行。这是中国首次承办的马拉松世界杯游泳赛，也是世界上唯一在海峡进行的马拉松世界杯游泳赛。
大赛游程直线距离长约20公里，预计运动员不间断游完全程需要7-10小时。
